Bij de Betuweroute is systeemintegratie in beeld gekomen na de afronding van de onderbouw (zand, grond etc.) in 2002. De eerste projectfase behelsde de overdracht van de onderbouw naar de bovenbouw. Systeemintegratie is daarna verantwoordelijk geweest voor de overgang van de bouwfase, die afgerond werd met systeemtesten (SIT1-fase; SIT = Systeem Integratie Testfase) naar de fase SIT2, waarin alle componenten zijn geïntegreerd en de systemen aan elkaar zijn geknoopt en dus integraal en in samenhang getest worden. De fase SIT3 valt buiten verantwoordelijkheid van de projectorganisatie Betuweroute. Deze fase omvat het proefbedrijf, waarin alle betrokken partijen (ProRail, beheerders, vervoerders, verkeersleiding etc.) met de Betuweroute proefdraaien. Deze fase omvat tevens de homologatie van het rijdend materieel.

Onderdelen van de Betuweroute die na de onderbouw zijn opgeleverd door de aannemer, maar nog niet in exploitatie gingen, zijn ondergebracht in Tijdelijk Beheer. Het gaat hierbij om bijvoorbeeld de geluidswal, bermen, sloten, en in een later stadium ook het spoor en andere onderdelen van de railinfrastructuur. Deze moesten ook tijdens de niet-exploitabele fase beheerd en onderhouden worden om functiedegeneratie te voorkomen en eventuele optredende storingen te verhelpen.

Het document,  'Overdracht & acceptatie', beschrijft de wijze waarop de goederenspoorlijn is overgedragen aan de opdrachtgever, het ministerie van Verkeer & Waterstaat.