Een project op grote schaal zoals de Betuweroute vraagt om uitzonderlijk veel aandacht voor het aspect planning. Uniformiteit was hierbij belangrijk. En niet alleen aan het begin van het project, maar ook gedurende de hele looptijd. Grofweg kende het drie fases: de initiatiefase, de conditioneringsfase en de realisatiefase. Voor een toelichting op de verschillende fasen, zie organisatieontwikkeling.

Snel overall beeld
In de initiatiefase van het project is het hele politiek/bestuurlijke traject in detail in kaart gebracht. Daarbij was de introductie van de Tracéwet een belangrijk fenomeen. Ook werd een globale inschatting van de doorlooptijden gemaakt van alles wat in de conditioneringsfase en uitvoeringsfase ingepland moest worden. Van het saneren van vervuilde grond en de archeologische onderzoeken tot en met het feitelijke bouwen. In de conditioneringsfase werden voor alle conditioneringsaspecten (ontwerpen, grondverwerving, archeologie, vergunningen, kabels en leidingen, saneringen) standaard planningen gemaakt. Hierdoor kon bij het opdelen van het project in deeltracés betrekkelijk snel een overall beeld verkregen worden van de benodigde doorlooptijd. Nog belangrijker was dat deze standaardplanningen de mogelijkheid gaven makkelijk een conditioneringsaspect toe te voegen aan de planning. Het detailplannen van de ontwerpactiviteiten is uitgevoerd door verschillende adviesbureaus.

Planning op elk managementniveau
Elke onderdoorgang, sanering, archeologische vindplaats en elk kunstwerk en viaduct zijn in de planning op individuele basis benoemd en opgenomen. Binnen de projectorganisatie was het standpunt dat, alvorens een contract op de markt werd gezet, er eerst een ‘maakbaar plan’ van de projectorganisatie moest liggen. De projectorganisatie gaf aannemers te kennen binnen welke periode ze een bepaalde klus geklaard moesten hebben. Vervolgens koppelde de aannemer weer naar de projectorganisatie terug wanneer hij de opdracht kon inplannen. De projectorganisatie stemde tenslotte alle partijen op elkaar af. De projectorganisatie Betuweroute werkte met Primavera Project Planner, en later met Primavera Enterprise. Een planningpakket dat ook in de contracten was voorgeschreven aan de aannemers. Dit systeem biedt de mogelijkheid om veel activiteiten en bijbehorende relaties aan te kunnen. Daarnaast kan er met een grote hoeveelheid codes gewerkt worden. Daarmee was het mogelijk om allerlei sorteringen en uittreksels te maken waardoor op elk managementniveau een planning als stuurinstrument kon worden gegenereerd naar soort werk (archeologie), op geografie (van kilometer X tot kilometer Z) of overall.