Het kwaliteitshandboek (KHB) vormt de basis voor het kwaliteitssysteem. Het KHB beschrijft het beleid, de gehele projectorganisatie en het kwaliteitssysteem van de Projectorganisatie. Onder laatstgenoemde valt het kwaliteitssysteem van de Betuweroute op hoofdlijnen, de pijlers van het project, de organisatie en de projectbeheersing. De Projectorganisatie Betuweroute is een ISO-9001 gecertificeerde organisatie. De opzet van het systeem is afgeleid van de criteria die door het certificeringbureau Certiked zijn opgesteld.

In het document 'Kwaliteitshandboek', staat het gehele kwaliteitssysteem uitgebreid beschreven.Bijbehorend de bijlagen:

bijlage 1 vigerende procedures 
bijlage 2 overzicht beheerde documenten
bijlage 3 afkortingen & definities
bijlage 4 overlegstructuur