Na een grondige MER-studie en mede naar aanleiding van de inspraak en advisering heeft het Kabinet in september 1999 besloten om geen nieuwe NOV-spoorlijn aan te leggen. Dat besluit past in het infrastructuurbeleid dat is gericht op maximaal benutten van de bestaande infrastructuur voordat wordt overgegaan tot nieuwbouw. Dat beleid uit 1999 geldt overigens nog steeds, zoals blijkt uit de Nota Mobiliteit die het Kabinet in najaar 2004 heeft gepubliceerd. Lees hierover meer in de brief aan de Tweede Kamer uit 1999. 

In plaats van het aanleggen van een geheel nieuwe Noordtak-spoorlijn, maken de goederentreinen dus gebruik van de bestaande spoorlijnen Elst – Arnhem - Deventer - Hengelo. Dit bestaande spoor wordt op enkele plaatsen aangepast om de nadelen van de toename van het aantal goederentreinen te verminderen. In overleg met bestuurders uit de regio is daarom in de eerste helft van 2000 besloten om het zogenaamde “NaNOV-programma“ uit te voeren. Dit NaNOV-programma omvatte onder andere het maken van diverse ongelijkvloerse kruisingen in de bestaande spoorlijnen. De betrokken gemeenten zijn bezig met het uitwerken van de plannen. De uitvoering van die werken staat in de V&W-begroting (van najaar 2004) gepland voor de jaren 2010 – 2015.