Na de commissie Hermans in 1995 hebben er geen wijzigingen meer plaats gevonden in de projectopdracht van de Betuweroute. Toch was er niet altijd sprake van een politieke rust aangaande de goederenspoorlijn. Na de nut- en noodzaakdiscussie in 1998 naar aanleiding van een brief van een aantal professoren (zie 1998: heroverweging) zijn er nog verschillende onderwerpen de revue gepasseerd waardoor de Betuweroute weer onderwerp werd van de politieke agenda. Hieronder lichten wij een aantal van deze onderwerpen kort toe. Het is interessant om dit soort onderwerpen nader te analyseren en te kijken naar de invloed van dergelijke politieke discussies op de uitvoering binnen een projectorganisatie. Vooralsnog beperkt zich onderstaande enkel tot documenten zonder een verdere analyse.

1999: Noordoostelijke Verbinding
De Noordoostelijke Verbinding (NOV) van de Betuweroute, die beter bekend stond als de Noordtak, vormt lange tijd de beoogde noordelijke aftakking van de Betuweroute van Elst bij Nijmegen naar de grensovergang bij Oldenzaal. Uiteindelijk besluit het kabinet in 1999 voor de afhandeling van het  goederenvervoer in noordoostelijke richting géén nieuwe spoorverbinding tussen Elst en Oldenzaal aan te leggen, maar om de goederenstroom voorlopig op het bestaande spoor af te handelen.

2000: rapport Algemene Rekenkamer: Beleidsinformatie Betuweroute
De hoofdconclusie van de Algemene Rekenkamer is dat tijdens het besluitvormingsproces over de Betuweroute relevante informatie niet optimaal is benut en dat de kwaliteit van de gebruikte informatie over het algemeen te weinig is gewaarborgd. Veel fracties zagen in het rapport aanleiding om nog eens goed naar de stand van zaken met betrekking tot de Betuweroute te kijken en om nieuwe informatie te vragen. Minister Netelenbos heeft dit resoluut van de hand gewezen, omdat de kritiek van de Algemene Rekenkamer de beleidsinformatie betreft en niet de uiteindelijke beleidskeuze. Het is voor minister Netelenbos tevens aanleiding geweest om de Tweede Kamer de gevolgen te benadrukken van stopzetting van de uitvoering van de Betuweroute. Hiermee is het rapport van de Algemene Rekenkamer afgehandeld.

2001: Wijzigen Contractvormen Bovenbouw
Oorspronkelijk zou de gehele bovenbouw worden aanbesteed in een Design Build & Maintanance contract (DBM). DBM staat voor een aanpak waarbij ontwerp (Design), aanleg (Build) en onderhoud (Maintenance) zijn gecombineerd. Uiteindelijke is voor het spoorwerk, de geluidsschermen en de tractie-energievoorziening; de beveiliging en beheersing; de tunneltechnische installaties van de bovenbouw gekozen voor engineering & construct. Het voornemen was om de bovenbouw aan te besteden in 3 clusters. Dit zou dan in zijn geheel op de markt worden gebracht. Later is dit gewijzigd omdat men verwachtte dat door een dergelijke opdeling meer marktpartijen kunnen meedingen en dus zodoende meer marktwerking kan worden gegenereerd.

2003: Tunnel Technische Installaties (TTI)
In verband met de brandveiligheid zijn geavanceerde tunneltechnische installaties aangebracht. Deze installaties zijn gaandeweg het project toegevoegd gezien de verschillende ongelukken in de tunnels in de Alpen. Binnen de Kamer is echter enige discussie geweest over de preciese invulling hiervan, hetgeen van invloed is geweest op de voortgang van het aanbestedingsproces.

2004: personenvervoer
Op 12 oktober 2004 heeft de Tweede Kamer aan de minister van Verkeer en Waterstaat gevraagd een nader onderzoek op een onafhankelijke basis uit te voeren naar de (on)mogelijkheden van personenvervoer op de Betuweroute om de rentabiliteit van de Betuweroute te verhogen. Rijkswaterstaat heeft vervolgens het Auditbureau Betuweroute (ABR) opdracht gegeven om deze analyse uit te voeren. De analyse heeft plaatsgevonden onder directe leiding en verantwoordelijkheid van prof. Ir. E. Horvat. Om de mogelijkheden van personenvervoer over de Betuweroute te analyseren heeft ABR bestaande onderzoeken geanalyseerd, aanvullende interviews gehouden met het ministerie van Verkeer & Waterstaat en ProRail, contact gehad met partijen als NS Reizigers, het NiBra en Havenbedrijf Rotterdam en kostenspecialisten van TucRail geconsulteerd. Het ABR heeft uiteindelijke geconstateerd in haar rapport, 'Analyse (on)mogelijkheden personenvervoer op de Betuweroute' dat het karakter van de Betuweroute als ‘dedicated’ goederenspoorlijn (zeer) negatief zal worden beïnvloed bij het toelaten van personenvervoer. De rentabiliteit van de Betuweroute zal hierdoor eerder verlagen dan verhogen.