1999-2003: Onderbouw
Eind jaren ’90 zijn de meeste werkzaamheden betreffende de conditionering afgerond. De voorbereidingen voor de realisatiefase waren daarmee zo goed als klaar. Omdat er toen gestart werd met de bouw, te beginnen de onderbouw, is een nieuw besturingsmodel geïmplementeerd.

Het document 'Besturingsmodel Managementgroep Betuweroute' bevat de uitgangspunten van het nieuwe besturingsmodel, uitwerking van de bevoegdheden en de werkwijze van het Management Team.

2003-2005: Bovenbouw
Na een lange fase waarin vooral de uitvoering van de onderbouw centraal stond, werd medio 2003  meer gefocust op de afronding van de onderbouw, de start van de bovenbouw, systeemintegratie en de voorbereiding op de toekomstige oplevering en overdracht. Aanleiding voor het directieteam van de Projectorganisatie Betuweroute om wederom op strategisch niveau stil te staan bij het toen geldende organisatie- en besturingsmodel en om deze daarna - waar nodig - aan te passen. Om een passend besturingsmodel vast te kunnen stellen en hier invulling aan te kunnen geven door het benoemen van verantwoordelijken en het opstellen van inrichtingsplannen, is gekeken naar de toekomstige positie en taakbepaling van de centrale stafafdelingen.

Het document, ‘Staftaken binnen het nieuwe organisatie/ en besturingsmodel´, beschrijft het onderzoek naar de toekomstige positie- en taakbepaling van de centrale stafafdelingen. Hierin wordt de besturingsfilosofie, de kaderstelling lijn-staf, de toedeling lijn- en staftaken en de inrichting van de directie Projectbeheersing behandeld.

De documenten ´Inrichtingsplan Uitvoering´, ´Inrichtingsplan Projectbeheersing´ en ´Inrichtingsplan Strategie, Techniek & Overdracht ' beschrijven de invulling van de verschillende onderdelen naar aanleiding van het onderzoek naar de toekomstige stafafdelingen.