Vanaf eind 1995 hield de projectorganisatie zich meer bezig met conditionerende werkzaamheden en nam de hoeveelheid werk in de initiatiefase langzaam af. Om die reden heeft men in 1995 een andere organisatiestructuur vastgesteld. In deze structuur is expliciet aandacht besteed aan de overlapping tussen de initiatie- en conditiefase. In 1996 zijn de laatste activiteiten uit de initiatiefase beëindigd en is de organisatie geheel overgegaan op de nieuwe structuur. Kernbegrippen hierbij waren 'Kort op de klus' en 'Weet waar je het over hebt'.

Het document 'Organisatie Projectbureau Betuweroute NS Railinfrabeheer van initiatie naar Conditie' bevat de grondslagen en de uitwerking van de nieuwe organisatiestructuur.