Om de bouw van de Betuweroute te kunnen realiseren is een Projectorganisatie opgericht. Hoewel projectorganisaties vaak van redelijke korte duur zijn, heeft deze organisatie ruim 10 jaar bestaan. Hierdoor kun je bijna niet meer spreken van een projectorganisatie met al zijn bijzondere eigenschappen, zie HRM. Het leek meer op een bestaande organisatie. Toch heeft de aard van de medewerkers - gedetacheerd, contracten voor beperkte tijd, flexibele instelling - ervoor gezorgd dat de Projectorganisatie zich in vele opzichten als zodanig opgesteld heeft. De lange looptijd van de werkzaamheden en de medewerkers maakte het echter tot een bijzondere mix van elementen van een projectorganisatie en een bestaande organisatie. Hoewel het project over ijzer en staal ging is het voor de Projectorganisatie Betuweroute altijd duidelijk geweest dat het een project vooral ván mensen was. De Projectorganisatie is zich daarvan bewust geweest en heeft de uitvoering dan ook altijd laten leiden door de volgende principes:

• de werkwijze moet integer, efficiënt, beheerst en verantwoord zijn
• met maximale belangen voor de omwonenden
• en met een hoge prioriteit voor de veiligheid van alle betrokkenen