De aansturingsrelatie van het gehele project was geregeld in twee globale documenten tussen de staat en de uitvoeringsorganisatie: het protocol (1997) en een overeenkomst (2002). Maar de veranderingen in de wijze van aansturing in de periode 1995 – 2007 zijn legio geweest. Zowel door veranderingen in de interne organisatie van de betrokken organen, als door een wijziging van de betrokkenheid van de organisaties bij (delen van) het werk. De verhoudingen binnen de aansturingsrelatie zijn verder ook van belang bij het beschouwen van de ontwikkelingen. In het project Kennis zijn hierover wel noties vastgelegd in andere onderdelen (onder meer bij Projectbeheersing), maar een systematische studie of beschouwing is niet verricht. De formele documenten zijn wel beschikbaar.

Aansturingsrelatie 1997-2002
In december 1997 werd voor het eerst voor de uitvoering van de aanleg van de Betuweroute een protocol gesloten tussen de Staat der Nederlanden (ministerie van Verkeer & Waterstaat) en NS-Railinfrabeheer (Tegenwoordig ProRail). De departementale verantwoordelijkheid voor de Betuweroute lag bij het directoraat-generaal Goederenvervoer van het ministerie van Verkeer & Waterstaat.

Het document, 'Aansturingsrelatie Staat der Nederlanden en NS-RIB', beschrijft de processturingsrelatie met de bijbehorende protocollen.

Aansturingsrelatie 2002-2007
Per 1 januari 2002 heeft er een wijziging plaatsgevonden in de aansturingsrelatie. De departementale verantwoordelijkheid voor de Betuweroute werd overgeheveld van het directoraat-generaal Goederenvervoer naar Rijkswaterstaat. Dit betekende dat Rijkswaterstaat namens de staat opdrachtgever was en Railinfrabeheer (tegenwoordig ProRail) opdrachtnemer. Tegelijkertijd is toen de Projectdirectie Betuweroute opgeheven.

Het document ‘Overeenkomst tussen de Staat der Nederlanden en Railinfrabeheer B.V. inzake de aanleg van de Betuweroute’ beschrijft de afspraken die zijn vastgelegd in de nieuwe aansturingsrelatie waarbij o.a. meer aandacht is besteed aan het omgaan met aanpassingen, risicomanagement en -verdeling, auditing en informatievoorziening.