Voor het Betuwerouteproject is ervoor gekozen een speciale schaderegeling in het leven te roepen die voorziet in de behandeling van verzoeken om vergoeding van schade ten gevolge van de (rechtmatige) besluitvorming en de (rechtmatige) feitelijke aanleg van de Betuweroute. Dit is de Regeling Nadeelcompensatie Betuweroute (verder: de Regeling). In de Regeling zijn – kort gezegd - het onherroepelijke Tracébesluit Betuweroute en de daaruit voortvloeiende besluiten van bestuursorganen en rechtmatige uitvoeringshandelingen aangemerkt als schadetoebrengende besluiten. Ook het Zevenaarproject en het Havenspoorlijnproject  zijn als zodanig aangemerkt, evenals onherroepelijke besluiten ingevolge of in samenhang met genoemd Tracébesluit, als daarop de Regeling in een later stadium van toepassing is verklaard.
Voor schade die een belanghebbende stelt te lijden, geldt dat deze een rechtstreeks gevolg moet zijn van het schadetoebrengend besluit. Verder mag de gestelde schade niet anderszins zijn verzekerd, door bijvoorbeeld aankoop of onteigening. Ook wordt bezien of de gestelde schade niet om andere redenen ten laste van verzoeker moet blijven, bijvoorbeeld omdat er sprake is van voorzienbaarheid. 

Bijzondere regeling
De reden voor het schrijven van een speciale regeling voor het Betuwerouteproject is het beleid van de Minister van Verkeer en Waterstaat dat erop gericht was schade ten gevolge van het Betuwerouteproject in een zo vroeg mogelijk stadium te compenseren. De Regeling is in die zin bijzonder dat deze voorziet in de behandeling van verzoeken om nadeelcompensatie én de behandeling van verzoeken om vergoeding van planschade. Formeel gezien vormde artikel 49 van de Wet op de Ruimtelijke Ordening  de grondslag voor vergoeding van schade ten gevolge van een gewijzigde planologische situatie, waarbij niet de Minister, maar de gemeente bevoegd gezag is. Met het aanmerken van het Tracébesluit Betuweroute als schadetoebrengend besluit, hoefde iemand die schade meent te lijden niet te wachten op de wijziging van het bestemmingsplan, maar kon hij zijn verzoek al bij het onherroepelijk worden van het Tracébesluit indienen bij de Minister. De Regeling voorziet, zoals gezegd, ook in het behandelen van verzoeken om nadeelcompensatie op grond van het evenredigheidsbeginsel als bedoeld in artikel 3:4 tweede lid van de Algemene wet bestuursrecht.

Bevoegd gezag en mandaat
De Minister van Verkeer en Waterstaat is het bevoegd gezag in het kader van de Regeling. De Minister heeft deze bevoegdheid voor het Betuwerouteproject gemandateerd aan de Directeur Realisatie Betuweroute. De bevoegdheid om te beslissen op bezwaren tegen besluiten op grond van de Regeling Nadeelcompensatie Betuweroute heeft de Minister gemandateerd aan de Voorzitter van de Raad van Bestuur van ProRail BV. De besluiten waarbij de Minister de mandaten heeft verleend zijn gepubliceerd in de Staatscourant en te vinden op www.overheid.nl.

Procedure
Voor de behandeling van een verzoek om schadevergoeding wordt een onafhankelijke deskundigencommissie ingeschakeld die een onderzoek doet naar de gestelde schade. De deskundigencommissie adviseert over de vraag of schadevergoeding moet worden toegekend en zo ja, over de hoogte van het  schadebedrag. Tijdens de behandeling door de onafhankelijke deskundigencommissie krijgen zowel de verzoeker als ProRail (namens de Minister) de gelegenheid om een toelichting te geven op het verzoek en de situatie. De Directeur Realisatie Betuweroute neemt op basis van het advies van de deskundigencommissie een besluit omtrent schadevergoeding. In veel gevallen beslist hij overeenkomstige het advies van de deskundigencommissie. Hij mag echter ook afwijken van het advies van de deskundigencommissie. Dit moet dan wel goed gemotiveerd gebeuren. Het besluit omtrent schadevergoeding is een besluit in de zin van de Algemene wet bestuursrecht. Mocht een verzoeker zich niet kunnen vinden in het besluit dan staat daartegen de rechtsgang van bezwaar, vervolgens beroep bij de Rechtbank en tenslotte hoger beroep bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State open.

Rechtspraak
Het Tracébesluit Betuweroute is inmiddels al bijna 10 jaar onherroepelijk en er zijn vele verzoeken om schadevergoeding op grond van de Regeling behandeld. Door de procedure van bezwaar, beroep en hoger beroep is een deel van de besluiten in de loop van de tijd aan de rechter voorgelegd. De uitspraken van deze gerechtelijke instanties geven een beeld van de ontwikkeling in de rechtspraak ten aanzien van de behandeling van verzoeken om schadevergoeding in verband met het Tracébesluit Betuweroute. Voor de uitspraken wordt verwezen naar de site www.rechtspraak.nl en de site van de Raad van State. De werking van de Regeling Nadeelcompensatie Betuweroute eindigt na een verloop van 10 jaar nadat de Betuweroute als geheel in exploitatie is genomen.